Xana est revenu sur Lyoko qui avait été reconstruit par Jérémie. Il a repris le contrôle des territoires de surface, mais le 5ème territoire est toujours sous le contrôle des Lyoko Guerriers. Pour empêcher Xana d'avoir les clés de Lyoko situés sur le 5ème territoire, vous devez reprendre le contrôle des 40 tours en virtualisant vos troupes sur les territoires de surface, sans les perdre.